空军用的侦察机型原本称为R-12。然而在1964年的总统大选，参议员Barry Goldwater持续抨击詹森（Lyndon B. Johnson）总统与新武器研发上落后于苏联，詹森总统决定以高度机密性的A-12计划，及存在的侦察型进行回击。
空军计划将R-12重新编号为RS-71（代表Reconnaissance-Strike，侦察—打击），接续在已有两次试飞的RS-70（XB-70女武神式轰炸机的衍生型）之后。然而，空军参谋长（Air Force Chief of Staff）Curtis LeMay更喜欢SR的编号，也想将RS-70改编号为SR-70，这时给予媒体的新闻稿仍然写著RS-71，造成总统误读飞机编号的传闻。 [1] [2]
能够让飞机达到三马赫，又必须提供次音速的气流给引擎，对进气道设计而言是必要的。在两个进气口前端各有一个圆锥形、可移动的进气锥，在地面上或次音速飞行下锁定在最前方的位置。自1.6马赫开始，进气锥会逐渐向后移动，最大到26吋。原始的进气电脑是类比式的设计，依据皮托管静压测量、俯仰、滚转、偏航、攻角等等的输入资料，算出进气锥所需要的前后移动距离。这么做可以将进气锥尖端产生的震波维持在进气口，使气流减速到1.0马赫的震波为止，之后的次音速气流就可以让引擎使用。这个在进气道内进行震波的捕获称为“启动进气”（starting the inlet）。压缩机前方会因而产生巨大的压力。泄气孔和旁通门设置在进气道和引擎舱内，以维持进气压力，使进气道能持续地“启动”。在3.2马赫巡航下，进气压力的增加估计提供了58%的可用推力，压缩机提供了17%，而后燃器提供了25%，这时几乎就是SR-71的最佳设计点。臭鼬鼠工厂的进气系设计师Ben Rich常说压缩机“使进气活跃著”（pumps to keep the inlets alive）。